گمان میرود که حیوانات فروخته شده برای غذا منشأ یا واسطه این ویروس باشند زیرا بسیاری از نخستین کسانی که مبتلا شدند کارگرانی در بازار غذاهای دریایی هوانان بودند. در نتیجه، آنها در معرض تماس بیشتر با حیوانات قرار داشتند. بازاری که با فروش حیوانات زنده برای غذا نیز در شیوع سارس در سال ۲۰۰۳ مقصر شناخته شد. چنین بازارهایی برای عوامل بیماریزای جدید به عنوان انکوباتور در نظر گرفته میشوند. این شیوع باعث تحریم موقت تجارت و مصرف حیوانات وحشی در چین شدهاست. با این حال، برخی محققان گفتهاند که بازار غذاهای دریایی هوانان ممکن است منبع اصلی انتقال ویروس به انسان نباشد. با اینکه تحقیقات اخیر در چین نشان میدهد که خفاش میتواند منشأ احتمالی این ویروس باشد، مصرف سوپ خفاش چندان در این کشور متداول نیست و تحقیقات دربارهٔ منشأ دقیق این ویروس ادامه دارد.

" (با انجام توالییابی دیانای به تعداد کافی، بازسازی یک درخت تبارزایی از تاریخ جهش یک خانواده ویروسها امکانپذیر است. تحقیقات در مورد منشأ شیوع سارس در سال ۲۰۰۳ منجر به کشف بسیاری از کورون ویروسهای خفاش مانند SARS، که بیشتر از جنس Rhinolophus از خفاشهای نعل اسب است. 2019-nCoV در این دسته از کورو ویروسیهای مرتبط با SARS قرار میگیرد. دو توالی ژنوم از Rhinolophus sinicus منتشر شده در سال ۲۰۱۵ و ۲۰۱۷ شباهت ۸۰٪ با 2019-nCoV را نشان میدهد. ژنوم سوم ویروس از Rhinolophus affinis , "RaTG13"، شباهت ۹۶٪ با 2019-nCoV دارد. برای مقایسه، این میزان تغییر در بین ویروسها مشابه میزان جهش مشاهده شده در طول ده سال در سویه ویروس آنفلوآنزا انسانی H3N2 است.) "
در ۲۷ مارس دانشمندان اعلام کردند که کروناویروس پانگولین عامل شیوع کووید ۱۹ بودهاست.
ویروسهای مشابه با عامل بیماری که باعث ایجاد بیماری دنیاگیر شده، در پولکپوستهای قاچاق یافت شدهاست. بطوریکه دانشمندان هشدار دادهاند که پستانداران پولکدار برای جلوگیری از شیوع کروناویروس دیگری در آینده، لازم است که در بازار حیوانات ممنوع شوند.

مطالعهای در دانشگاه سیدنی نشان داده که سارس-کاو۲، ویروسی که باعث کووید ۱۹ میشود، دارای شباهت ژنتیکی با سویههای مختلفی از کروناویروسی است که در حال حاضر جمعیت پولکپوست سوندا (پانگولین مالایی) در جنوب چین را آلوده کردهاست. این تحقیق که در مجله نیچر منتشر شده، هشدار میدهد که «دست زدن به این حیوانات، به احتیاط قابل توجهی نیازمند است».